Como ciudad, Battambang no es particularmente antigua, aunque hay evidencia de ocupación en la zona durante más de 1000 años. Se estableció como una importante ciudad comercial en algún momento del siglo XVIII. En 1795, Tailandia se anexionó gran parte del noroeste de Camboya, incluidas las provincias de Battambang y Siem Reap, y el dominio tailandés duró hasta 1907, cuando la provincia fue cedida a los franceses para que formara parte de su colonia de Indochina. Gran parte de la arquitectura que aún se ve hoy en día en el centro de la ciudad data de la primera mitad del siglo XX. El desarrollo se detuvo durante la Segunda Guerra Mundial, cuando Battambang volvió a caer bajo la administración tailandesa, pero continuó rápidamente después de la independencia en 1953.

Battambang sufrió casi lo mismo que el resto del país bajo el régimen de los jemeres rojos: la ciudad fue evacuada porque la población se trasladó al campo, donde murieron muchas personas. La ciudad fue liberada por los vietnamitas una semana después de la caída de Phnom Penh el 13 de enero de 1979, pero los jemeres rojos continuaron luchando en el noroeste de la provincia hasta que suspendieron las hostilidades en 1996. Durante este período, la ciudad estaba prohibida para la mayoría de los visitantes, ya que estaba en primera línea en la guerra contra los jemeres rojos. Por lo general, las fuerzas gubernamentales hacían retroceder a los jemeres rojos hacia Pailin en la estación seca, solo para ceder la mayoría de las ganancias una vez que llegaban las lluvias monzónicas.

Después de 1996, Battambang gozó de paz por primera vez en décadas y experimentó cierto crecimiento. Sin embargo, solo hasta hace muy poco llegó un gran número de turistas a la ciudad: ya se han limpiado la mayoría de los campos minados y se han rehabilitado las carreteras principales.
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